Ngày 2 tháng 11 năm 2015, sau khi Ban Thường vụ Thành ủy Hà Nội khóa XVI được bầu, ban Tuyên giáo Thành ủy Hà Nội cho biết, ông Phạm Quang Nghị - Ủy viên Bộ Chính trị tuy tiếp tục Phụ trách Chỉ Đạo Đảng bộ thành phố Hà Nội, nhưng việc điều hành Đảng bộ thành phố Hà Nội được tập thể thường trực gồm 4 Phó Bí thư Thành ủy, ủy nhiệm cho bà Ngô Thị Thanh Hằng - Phó Bí thư Thường trực Thành ủy Hà Nội.[6]

Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XII ông nghỉ hưu.